プール水が茶色になるのは、鉄やマンガンが含まれている場合、この現象がおこります。
遊泳終了後、塩素剤を投入して、ろ過機を連続運転して下さい。
なお、砂ろ過の場合は、凝集剤を使用すると効果的です。